A instituição que hoje conhecemos como Instituto Nacional de Segurança Social (INSS) iniciou suas atividades na Guiné-Bissau em 1979 como Instituto Nacional de Seguro e Previdência Social (INSPS). O INSPS resultou da unificação das diversas poupanças dos trabalhadores acumuladas durante a Era Colonial, incluindo Montepio Geral, Alfândegas, Ultramarina, entre outras. Essa junção, além de abranger os trabalhadores das instituições mencionadas, também contemplava o seguro automóvel. Este modelo de proteção social dos trabalhadores vigorou até 1997.

Em 1997, através do Decreto-Lei n.º 1/97, foi decidido separar a Previdência Social do Seguro Automóvel. Com essa separação, foram criadas duas instituições distintas: o Instituto Nacional de Previdência Social (INPS) para assegurar os trabalhadores e a Gunebis para o seguro de automóveis. Assim, em 1997, o INPS foi estabelecido e funcionou durante 15 anos, gerindo os diferentes regimes de proteção social.

Em 2012, através do Decreto-Lei n.º 3/2012, foi criado o atual Instituto Nacional de Segurança Social (INSS).